由于几天前成功击败了第二次入侵的昼天使，在完成回收EVA的任务后，NERV便立即投入到地面使徒残骸的清理工作中。
“哇，这么一看的话，我们驾驶的EVA与之战斗的使徒真的非常庞大。”葛城领着三位少年来到处理现场，中村感叹道。
“确实如此。”美里接过话茬，“为了表彰你们的努力，我打算过几天在家里举办一个庆祝派对作为奖励。”
“太棒了！”中村兴奋地回应，而碇真嗣在经过那次深刻的对话之后，性格变得更加开朗，他对这个提议既不反对也不特别支持。
“我们最近的调查显示，这具尸体仍保留了一些生命迹象。”律子处理完手头的工作后加入他们，“为了避免任何意外的发生，我们决定将你们三位留在这里监视。如果出现异常情况，可以立即采取行动。”
“明白了，辛苦各位了。”葛城补充道，“晚上我们会好好款待你们的。”
“好的。”中村回答后，葛城与律子离开了现场，留下孩子们自行活动。中村和绫波见暂时没有任务，蹲坐在角落里玩起了《火影忍者》的游戏。碇真嗣在一旁观看，中村便将自已的手机递给他，邀请他一起玩游戏。
此时，在另一个地方……
“名字？”SEELE的审讯官再次询问面前沉默的红发少女。她已经多日未进食，意志力正在减弱。终于，在被问及第五次时，她低声答道：“我叫……多嘉奈。”
说罢，红发少女因体力耗尽而昏厥。SEELE的人员立即将她送往监控病房，并通过管道供给营养。
数小时后，随着体力的恢复，多嘉奈感到自已的力量逐渐回归。她没有立刻召唤银色巨人前来救援，而是根据之前的感知，前往处理场将那具残留生命迹象的使徒遗体控制并融合，准备发起新一轮攻势。
银色巨人迅速穿越地下，抵达中村等人所在的区域。“斯拉……”它悄无声息地附着于使徒之上。这一突变令所有人都措手不及。
“中村，真嗣，情况紧急，请立刻前往EVA，我们争取给你们争取五分钟的时间。”律子通过广播紧急通知两位驾驶员。“知道了。”中村将手机交还给绫波保管，随即与碇真嗣一同赶往EVA。
然而，融合后的使徒并未给予他们足够的时间。它感知到EVA启动的能量波动，立即采取行动。利用自身能力，使徒直接穿透墙壁，沿直线路径前进。它感应到中村身上的光之能量，布下障碍，迅速接近目标。
使徒先一步到达战场，开始对上次与其对抗的初号机进行破坏。当它专注于破坏时，中村在工作人员的帮助下操控零号机全力撞击使徒，成功将其逼退并展开对抗。此时，融合了使徒的银色巨人不仅增强了体型与强度，还继承了原有的外壳和AT立场，防御几乎完美无缺。此外，它还拥有一条鞭状武器，成为了一个几乎无敌的存在，类似于特利迦奥特曼中的反派卡尔蜜拉。
在零号机对抗融合使徒的过程中，初号机也在技术人员的帮助下勉强启动。尽管此前遭受重创，几乎丧失行动能力，但碇真嗣的决心让它重新站了起来。
“呃！”不幸的是，奇迹并未降临，碇真嗣刚站起身，身体的伤势便无法承受，再次倒下。同步过程中传来的剧痛让他痛苦地呻吟。
与此同时，中村的处境同样危险。融合使徒变得更加敏捷，加上坚固的外壳，即使手持粒子刀的中村也难以找到有效的攻击点。在他稍一分心之际，使徒一鞭打飞了他的刀，并且切断了一只手。失去武器和手臂的零号机面对融合使徒的强力攻击毫无招架之力，最终被一鞭劈成两半。
完成这一切后，融合使徒迅速撤离现场。随后，多嘉奈通过心灵链接操控使徒，袭击了SEELE关押她的医院，破坏了所有防御设施。趁着混乱，多嘉奈逃离了囚室，与融合使徒会合，带着强大的力量消失不见，留下一片废墟。
尽管EVA驾驶员与机器人的连接主要是精神层面的，但当EVA受到伤害时，驾驶员同样会感受到强烈的痛苦。碇真嗣经历了如同全身骨骼断裂般的痛苦，感觉每一寸肌肉都在剧烈收缩，疼痛如同无数针刺，几乎让他无法呼吸。
而中村的情况更是严峻。当零号机被融合使徒一鞭劈成两半时，他仿佛亲身经历了被撕裂的全过程。剧痛从腹部深处爆发，像是有一把巨大的锯子从他的腰部横切而过，内脏似乎从裂口中涌出，血液如同决堤的洪水般喷涌。他能清晰地感觉到自已的身体被无情地撕裂，疼痛如同烈火焚烧，每一秒都像是永恒。
“啊——！”中村发出撕心裂肺的尖叫，声音中充满了绝望和无助。他的双手紧紧抓着驾驶舱的边缘，指甲深深嵌入金属表面，试图抵抗这股无法忍受的痛苦。汗水和泪水混合在一起，顺着他的脸颊滑落，浸湿了驾驶服。身体的每一个细胞都在抗议，每一个神经末梢都在传递着痛苦的信号，仿佛整个世界都在向他施加压力。
“好……疼……”中村用尽最后的力气，声音几乎嘶哑，但他依然坚持着说出这句话。他的意识逐渐模糊，眼前的一切变得模糊不清，身体不受控制地颤抖，最终彻底失去了知觉，瘫倒在驾驶舱内，完全陷入了黑暗。
